Der "Molekülbetrachter" Jmol

Das 3D-Molekülbetrachtungsprogramm Jmol ist als Java-Applikation plattformunabhängig und als Open-Source-Anwendung kostenlos.
 

Jmol gilt als Nachfolger der Molekülbetrachter-Kombination Chime/RasMol. Nachdem Chime nicht mehr weiterentwickelt wird und für OS X nicht mehr zur Verfügung steht, wurde Jmol als vollwertiger Ersatz entwickelt - mit den entscheidenden Vorteilen der Plattformunabhängigkeit und der intensiven ständigen Weiterentwicklung als Open-Source-Anwendung: Mit dem Jmol Applet können 3D-Darstellungen von Molekülen in Webseiten integriert werden. Die Jmol-Anwendung jmol.jar ist ein Standalone-Java-Programm zur browser-unabhängigen 3D-Betrachtung von Molekülen und zur Entwicklung von Webseiten mit Jmol-Einbindung.

 

Zahlreiche Funktionen

Mit dem Jmol-Applet lassen sich auf HTML-Basis Lehrgänge entwickeln, bei denen Schülerinnen und Schüler verschiedene Molekülansichten und Bewegungen mithilfe von erklärendem Text selbst steuern können. Es erlaubt verschiedenste Darstellungsmöglichkeiten wie "ball-and-stick", "space-fill", "cartoon", Drehung im Raum, Größenveränderungen und Einfärbungen (siehe Abb. 1, Platzhalter bitte anklicken) - und zwar atomselektiv. Zudem steht im Jmol-Fenster auch eine vollwertige Konsole zur direkten Befehlseingabe zur Verfügung.

 

Nutzung vieler Datei-Formate

Jmol unterstützt eine große Anzahl von Datei-Formaten, wie Protein Data Bank (PDB), Crystallographic Information File (CIF), MDL Molfile (MOL), und Chemical Markup Language (CML). Über das Internet stehen zahlreiche Dateien zur Verfügung, die wissenschaftlichen Kriterien genügen - beispielsweise die PDB-Files der RCSB Protein Data Bank für Proteine, welche auf Rötgenstrukturanalysen oder zweidimensionalem NMR beruhen.

Jmol Javascript Tutorial

Wenn Sie eine starke HTML-Affinität haben und selber Moleküle mit Jmol basteln möchten, kann Ihnen ein von Dr. Annemarie Honegger (Biochemisches Institut der Universität Zürich) erstelltes Tutorial den Einstieg erleichtern. Das Grundverzeichnis enthält nur eine Index-Datei und die Jmol Files (Jmol upgrade 11.2.8). Alle anderen Komponenten des Jmol Javascript Tutorials sind im Verzeichnis "Workshop". Das Verzeichnis "Ressourcen" enthält alle Dateien, die von den HTML-Vorlagen benutzt werden, wie zum Beispiel Icons und Stylesheets. Wenn Sie den Kurs absolvieren oder die Vorlage benutzen möchten, können Sie einfach den Ordner "AHonegger" duplizieren und auf Ihren Namen umbenennen. In Ihrem Ordner können Sie den "Vorlage"-Ordner beliebig oft duplizieren und umbenennen, um die verschiedenen Kopien mit Ihren eigenen Inhalten zu füllen.

  • Online-Kurs: Jmol Javascript Tutorial
    In diesem Tutorial lernen Sie, wie Sie 3D-Moleküle in eine Webseite einfügen, indem Sie HTML-Seiten dieses Tutorials nach Anleitung bearbeiten und ergänzen.
JmolKurs.zip
 

Kurzinformation

TitelJmol
AnbieterSourceforge Open-Source Community
Preiskostenlos
Technische VoraussetzungenWindows, Mac OS X, Linux, Unix; Java Runtime Environment

Internetadresse

Zusatzinformationen

Informationen zu den Autoren

Roger Deuber studierte Biochemie und Toxikologie an der Universität Zürich und unterrichtet das Fach Chemie an der Kantonsschule Baden. Seit 1996 ist er Fachmaster für den Bereich Chemie beim Education-Server SwissEduc. Im Laufe dieser Zeit entwickelte er computergestützte Unterrichtsmaterialien für den Chemieunterricht, unter anderem im Bereich Visualisierung von Biomolekülen (Molecular Modelling, Materialien und Infos auf dem Schweizerischen Bildungsserver).

  • Mehr Infos im Autorenverzeichnis
    Hier können Sie Kontakt mit Herrn Deuber aufnehmen. Zudem finden Sie hier eine Liste mit allen Lehrer-Online-Beiträgen des Autors.

Dr. Annemarie Honegger ist wissenschaftliche Mitarbeiterin am Biochemischen Institut der Universität Zürich. Sie hat für Lehrerinnen und Lehrer Materialien zum Thema Virtuelle (Nano) Welten ins Netz gestellt, darunter zum Beispiel Anregungen für einen DNA-Schmuck mit Geheimbotschaften.

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